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菌肥用量少，单施不易施匀，覆土之前易受阳光照射影响效果，遇风天还会发生被风吹跑，可与有机肥混合深施效果较好，也可以与营养土混合用于蔬菜育苗，也可在蔬菜定植时穴施或沟施。
(1)菌肥肥效持续时间长。由于生物菌具有较强的生命力，一般肥效可达150～180天，一季作物只施用一次，即可满足作物一生的生长发育的要求。
(2)菌肥是一种活性菌，施用时埋于土壤中，不能撒施于地表，一般深施7～10cm。由于生物菌对作物的根系和种子不造成任何伤害，所以菌肥施用时应限度地靠近作物根系，让其与作物根系限度地接触，才能充分发挥生物菌肥的肥效。作种肥时，施于种子正下方2～3cm处；作追肥时尽量靠近根系为好；叶面喷施时，应在下午3时后进行，并喷施于叶的背面，防止紫外线杀死菌种。
(3)菌肥与其它肥料配合施用效果好。菌肥是一种高含菌量的生物制剂，施于土壤后需要15～20天才能发挥肥效，多数生物菌需在氮元素的作用下才能复苏，所以在施菌肥时要适量地配合少量的氮肥，一般每公顷施复合菌肥25～30kg，且根据不同情况，配合施用45～75kg尿素、75kg磷酸二铵。如与有机肥料配合施用(每公顷配施商品有机肥80kg)，可加快改善土壤的理化性状，增加土壤有机质的含量，提高生物菌的活性。
(4)保持土壤适宜的温湿度条件：菌肥在土壤持水量30%以上、土壤温度在10～40℃、pH值在5.5～8.5的土壤条件下均可施用。在土壤持水量小于30%时要及时浇水，并及时中耕松土以保持土壤墒情、提高土壤温度。
(5)配制营养土：一般取田园土(无农药污染的田园土)60kg，充分发酵腐熟的人、畜、禽粪便30kg，加复合菌肥10kg，充分搅拌均匀即可。该营养土可用于农作物、蔬菜、瓜果、果树等育苗、养苗等使用。
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